Semenjak update wordpress versi 3.0, WordPress memberi kemudahan dalam fasilitas multisite. yang mengijinkan kita mengggunakan banyak website dalam satu installasi.
Namun secara default, WordPress multisite harus diinstall pada root hosting, contohnya domain: blogdetik.com. Tidak dapat diinstall pada sub domain: subdomain.blogdetik.com.
Namun pada saat tertentu kita ingin bereksperimen menggunakan WordPress pada subdomain, disebabkan ketidak mungkinan diinstall pada root domain/hosting. Pada kasus ini saya mengambil contoh, blog.fai-umt.ac.id, saya menginstall wordpress multisite pada subdomain “blog”, dari root domain “fai-umt.ac.id”.
Kita bisa menginstall wordpress pada subdomain, akan tetapi network site domain yang dihasilkan dari wordpress multisite, harus disetting pada subdirectory, bukan sub domain. Berikut contohnya:
blog.fai-umt.ac.id/lukman
Keterangan:
“blog.” adalah subdomain tempat menginstall wordpress multisite.
“lukman” adalah subdirectory, yang digunakan sebagai alternatif subdomain yang diperlukan oleh site network wordpress multisite.
Pertanyaannya adalah, bagaimana caranya? Jawabannya, mudah sekali.
1. Silahkan install wordpress multisite pada subdomain, ikuti petunjuk yang ada.
selesei pada step ini, anda sudah bisa create network site. Tapi site atau yang telah dibuat, tidak dapat diakses, sebab masih menggunakan setting default, yaitu sub domain.
2. Edit, file; wp-config.php, dan temukan baris
define('SUBDOMAIN_INSTALL', true);
Ganti status “true” ke “false”, sehingga hasilnya;
define('SUBDOMAIN_INSTALL', false);
setelah itu, klik save.

silahkan login kembali.
semoga berhasil.

Sumber: http://design.sparklette.net/teaches/how-to-change-wordpress-multisite-from-subdomains-to-subfolders/